乙酰化(Acetylation)又稱乙;蛞阴;饔茫侵笇⒁粋乙酰官能基團加入到一個有機化合物中的化學(xué)反應(yīng)。在生命體中,蛋白質(zhì)乙;鳛橐环N非常重要的蛋白質(zhì)翻譯后修飾存在,它調(diào)控著細胞凋亡、DNA-蛋白質(zhì)相互作用、DNA復(fù)制和修復(fù)、DNA轉(zhuǎn)錄活性及蛋白質(zhì)穩(wěn)定性等多種重要的生命過程。
中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所宋江寧研究員帶領(lǐng)的結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)與整合系統(tǒng)生物學(xué)研究組與中國農(nóng)業(yè)大學(xué)生物信息學(xué)中心及澳大利亞蒙納士大學(xué)醫(yī)學(xué)院和信息技術(shù)學(xué)院的科研人員合作,對蛋白質(zhì)乙酰化開展了一系列深入研究。該工作開發(fā)出新的生物信息學(xué)工具SSPKA(http://www.structbioinfor.org/Lab/SSPKA/),用以精確識別基于物種特異性的蛋白質(zhì)乙;稽c。這一研究通過構(gòu)建物種特異性高精度的蛋白質(zhì)乙;瘮(shù)據(jù)集、提取各類有效特征,并結(jié)合高效的特征選擇方法,建立了高準確率的隨機森林機器學(xué)習(xí)模型預(yù)測蛋白質(zhì)乙;,并針對不同物種的乙酰化位點預(yù)測模型開發(fā)了網(wǎng)絡(luò)在線預(yù)測工具和本地預(yù)測工具,繼而對人類蛋白質(zhì)組進行了預(yù)測。這一生物信息學(xué)工具的成功開發(fā),對于蛋白質(zhì)乙酰化位點的序列—結(jié)構(gòu)—功能關(guān)系的深入研究具有重要意義。
該研究得到中國科學(xué)院百人計劃、知識創(chuàng)新工程項目(KSCX2-EW-G-8)以及國家自然科學(xué)基金(61202167, 61303169, 11250110508)的資助。最新研究結(jié)果發(fā)表在國際開放獲取期刊Scientific Reports上,天津工生所碩士研究生李元為論文第一作者。
