近日，中國科學(xué)院海洋研究所宋林生研究員研究團(tuán)隊(duì)繪制完成菊黃東方鲀基因組草圖。
菊黃東方鲀俗稱“滿天星”（圖A），隸屬鲀形目、東方鲀科，在亞洲有著悠久的食用歷史和極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，也是我國重要的河鲀養(yǎng)殖品種之一。科研人員依托中科院海洋所自主構(gòu)建的海洋生物基因資源平臺(tái)和超算平臺(tái)，獨(dú)立完成了菊黃東方鲀（Takifugu flavidus）全基因組的測(cè)序、拼裝及分析，利用SOLiD 4第二代高通量測(cè)序儀測(cè)序得到總長(zhǎng)度76.0 Gb的序列，并創(chuàng)新性地采用“輔助拼接”策略拼接獲得scaffolds 50,947條（scaffold N50為305,741 bp）。
研究發(fā)現(xiàn)，菊黃東方鲀基因組在GC含量和重復(fù)序列等多方面與紅鰭東方鲀基因組相似，菊黃東方鲀基因組中共有30,285個(gè)蛋白編碼基因，蛋白平均長(zhǎng)度為519.9個(gè)氨基酸，獲得51,990條GO注釋信息（圖B~D），117 條KEGG通路信息和270,803條InterPro注釋信息。
該項(xiàng)研究積累了東方鲀屬魚類的遺傳背景資料，為深度發(fā)掘海洋動(dòng)物功能基因、開展蛋白功能的高效驗(yàn)證分析奠定了基礎(chǔ)。相關(guān)研究結(jié)果在DNA Research發(fā)表。
海洋所繪制完成菊黃東方鲀基因組草圖
