在系統(tǒng)發(fā)育分析時(shí)缺失數(shù)據(jù)普遍存在于很多數(shù)據(jù)矩陣中，其對(duì)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系準(zhǔn)確性的影響研究是長(zhǎng)期以來(lái)備受關(guān)注的難題。對(duì)數(shù)據(jù)分析通常應(yīng)該包括盡可能多的基因片段，同時(shí)使整個(gè)矩陣中的缺失數(shù)據(jù)最少。但是，到目前為止，通過(guò)增加包含缺失數(shù)據(jù)基因片段后對(duì)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系準(zhǔn)確性的影響的研究較為匱缺，尤其是利用似然法對(duì)多基因片段聯(lián)合矩陣而構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的分析。
在中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所李德銖研究員、王紅研究員和美國(guó)亞利桑那大學(xué) John J. Wiens 教授指導(dǎo)下，該所博士研究生蔣偉，利用酵母和薔薇目?jī)蓚�(gè)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系解決較好的經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù)矩陣，探討了缺失數(shù)據(jù)對(duì)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系準(zhǔn)確性的影響。該研究將不同比例的缺失數(shù)據(jù)人為地引入到不同數(shù)目的基因片段中，檢測(cè)增加或去掉包含缺失數(shù)據(jù)的基因?qū)ο到y(tǒng)發(fā)育分析的利與弊。同時(shí)，尋找缺失數(shù)據(jù)在數(shù)據(jù)不全基因片段中的比例，即增加它們對(duì)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析產(chǎn)生利弊的可能的閾值，以及缺失數(shù)據(jù)是否對(duì)系統(tǒng)樹(shù)枝長(zhǎng)的估計(jì)產(chǎn)生影響。
研究發(fā)現(xiàn)，在系統(tǒng)發(fā)育分析中增加包含缺失數(shù)據(jù)的基因片段與去掉這些片段相比，前者提高了系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的準(zhǔn)確性，在整個(gè)矩陣包含很多含缺失數(shù)據(jù)的基因片段情況下尤其顯著。增加包含缺失數(shù)據(jù)的基因片段更有助于解決由于信息位點(diǎn)不足等因素造成的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系未得到解決的節(jié)點(diǎn)。而且，也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)缺失數(shù)據(jù)對(duì)枝長(zhǎng)的估計(jì)產(chǎn)生明顯的影響。因此，該研究不支持傳統(tǒng)上認(rèn)為的去掉數(shù)據(jù)不全的基因片段是一種更安全的，或更保守的觀(guān)點(diǎn)。
以上研究結(jié)果以Should genes with missing data be excluded from phylogenetic analyses? 為題，發(fā)表在分子系統(tǒng)發(fā)育國(guó)際主流刊物 Molecular Phylogenetics and Evolution 上。該研究得到了國(guó)家重大科學(xué)研究計(jì)劃項(xiàng)目（2014CB954100）、中國(guó)科學(xué)院重點(diǎn)部署項(xiàng)目（KJZD-EW-L07）、國(guó)家自然科學(xué)基金（40830209）等資助。
含不同比例的缺失數(shù)據(jù)基因片段對(duì)8個(gè)酵母物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系準(zhǔn)確性的影響
