3月12日，國際學(xué)術(shù)期刊Journal of Virology在線發(fā)表了中國科學(xué)院上海巴斯德研究所病原診斷技術(shù)研發(fā)中心與浙江省湖州市疾病預(yù)防控制中心合作的研究論文Co-circulation of three HA and two NA subtypes of avian influenza viruses in Huzhou, China, April 2013: implication for the origin of the novel H7N9 virus。（《2013年4月湖州出現(xiàn)3個HA和2個NA流感亞型共流行：提示新型H7N9病毒的起源》）
2013年2月開始，我國長三角地區(qū)爆發(fā)了由新型H7N9禽流感病毒感染人類導(dǎo)致的嚴重疫情。湖州市位于浙江省北部，地處長三角腹地，與江蘇、安徽省接壤，緊鄰上海，是H7N9疫情的重災(zāi)區(qū)之一（圖1）。應(yīng)湖州市疾病預(yù)防控制中心的邀請，上海巴斯德所副所長藍柯帶領(lǐng)由冷啟彬、周東明、張馳宇研究員以及王莉莉、劉嘉等技術(shù)人員組成的研究團隊，赴湖州開展合作研究。
進化時間動力學(xué)分析顯示，新型H7N9禽流感病毒的NA基因起源時間早于HA基因，表明H7N9的起源可能至少牽涉2次不同的重排事件：第一次重排事件使N9型NA基因整合到H9N2的基因組形成H7N9的進化中間體H9N9病毒，H7型HA基因通過第二次重排事件整合到H9N9的基因組形成H7N9（圖2）。通過對湖州2013年4月采集的禽類樣品（糞便，污水等）進行流感基因片段擴增、測序和進化分析，發(fā)現(xiàn)禽類中存在H7，H9，H5三個HA基因型的共流行以及N9和N2兩個NA基因型的共流行。一株H9N2病毒A/Chicken/Huzhou/C143/2013(H9N2)在流感6個內(nèi)部基因片段的進化分析中，總是緊密地聚類在新型H7N9形成的進化簇（cluster）的外側(cè)，表明A/Chicken/Huzhou/C143/2013(H9N2)是遺傳上與新型H7N9最相關(guān)的H9N2流感病毒株。此外，研究還發(fā)現(xiàn)了2株疑似H9N9毒株。湖州北鄰我國第三大淡水湖-太湖，擁有2個天然的野鳥棲息地，具備H7N9起源的環(huán)境條件，研究結(jié)果提示湖州是新型H7N9的起源地之一。
研究結(jié)果發(fā)表前，研究團隊描述了湖州出現(xiàn)的第一例H7N9確診死亡病例的臨床特征（Emerg Microbes Infect.2013, 2:e23），對湖州所有H7N9確診病例進行了系統(tǒng)的流行病學(xué)研究，并檢測了H7N9病毒在夏季極高氣溫下的流行狀況。研究發(fā)現(xiàn)確診病人均有與禽類接觸或暴露史，進一步證明禽類是新型H7N9的直接來源（Euro Surveill.2013;18(20):pii=20481）；新型H7N9病毒對高溫具有很強的適應(yīng)性，表明湖州是H7N9的重要傳播源（Int J Infect Dis, in press）。
該項合作研究為湖州的疾病防控提供了重要的參考依據(jù)，是上海巴斯德所利用自身研究優(yōu)勢支撐地方疾病防控的成功案例。該研究在藍柯、張馳宇、周東明、冷啟彬等研究員以及湖州疾病預(yù)防控制中心主任韓健康的合作指導(dǎo)下完成，得到了國家科技重大專項及李嘉誠基金會的支持。
圖1. 2013年春季湖州市確診病例和活禽市場分布
圖2. 新型H7N9病毒各基因起源的時間動力學(xué)（A）和重排起源模型（B）
