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生物物理所30nM染色質(zhì)高級結(jié)構(gòu)解析取得重要突破

  4月25日(DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)61周年紀(jì)念日),Science以長幅研究論文(Research Article)形式報道了來自中國科學(xué)院生物物理研究所一項關(guān)于30nm染色質(zhì)高級結(jié)構(gòu)解析的重大成果。生物物理所長期從事冷凍電鏡三維結(jié)構(gòu)研究的朱平研究員和長期從事30nm染色質(zhì)及表觀遺傳調(diào)控研究的李國紅研究員通過多年的緊密合作和不懈努力,發(fā)揮各自專長和優(yōu)勢,成功建立了一套染色質(zhì)體外重建和結(jié)構(gòu)分析平臺,利用一種冷凍電鏡單顆粒三維重構(gòu)技術(shù)在國際上率先解析了30nm染色質(zhì)的高清晰三維結(jié)構(gòu),在破解“生命信息”的載體——30nm染色質(zhì)的高級結(jié)構(gòu)研究中取得了重要突破。該結(jié)構(gòu)揭示了30nm染色質(zhì)纖維以4個核小體為結(jié)構(gòu)單元;各單元之間通過相互扭曲折疊形成一個左手雙螺旋高級結(jié)構(gòu)(圖1)。同時,該研究也首次明確了連接組蛋白H1在30nm染色質(zhì)纖維形成過程中的重要作用。本研究論文的評審人評論說,“30nm染色質(zhì)結(jié)構(gòu)是最基本的分子生物學(xué)問題之一,困擾了研究人員30余年”,該結(jié)果是“目前為止解析的最有挑戰(zhàn)性的結(jié)構(gòu)之一”,“在理解染色質(zhì)如何裝配這個問題上邁出了重要的一步”。

    高等生物的遺傳信息儲存在染色體的DNA中,每一個體具有200多種不同細(xì)胞,這些細(xì)胞都是從單個受精卵細(xì)胞發(fā)育分化而來的,具有相同的遺傳信息,但是他們的形態(tài)和生理功能卻大相徑庭。研究表明,生命體通過調(diào)控細(xì)胞核內(nèi)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)(特別是30nm染色質(zhì)高級結(jié)構(gòu))的動態(tài)變化來有選擇性地進(jìn)行基因的激活和沉默,從而控制細(xì)胞自我維持或定向分化,決定細(xì)胞的組織特異性和細(xì)胞命運(yùn),進(jìn)而形成復(fù)雜的組織、器官和個體。因此,研究染色質(zhì)的高級結(jié)構(gòu)及其調(diào)控機(jī)制對于理解細(xì)胞增殖、發(fā)育及分化過程中一些重要基因的表達(dá)差異及表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)理具有十分重大的意義。  

  61年前的今天(1953年4月25日),英國劍橋大學(xué)卡文迪許實(shí)驗(yàn)室的沃森(James Dewey Watson,1928-)和克里克(Francis Harry Compton Crick,1916-2004)在英國Nature雜志上發(fā)表了一篇劃時代的論文,向世界宣告他們發(fā)現(xiàn)了DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu),揭開了遺傳信息如何傳遞這個“生命之謎”。這個發(fā)現(xiàn)使生命科學(xué)的研究深入到分子層次,開啟了現(xiàn)代分子生物學(xué)時代,成為20世紀(jì)最偉大的科學(xué)發(fā)現(xiàn)之一。

  人的基因組含有大概30億對堿基,如果把這些堿基對集中到一根DNA“繩子”上,它的長度大概是2米。2米長的DNA要安放在直徑只有幾個微米的細(xì)胞核里,必須以某種方式凝縮起來。在現(xiàn)代生物學(xué)的教科書里,這個過程是分四步完成的,這四個過程對應(yīng)著四個結(jié)構(gòu):第一級結(jié)構(gòu)是核小體,它是DNA雙螺旋“繩子”纏繞在組蛋白上而形成的;第二級結(jié)構(gòu)是核小體進(jìn)一步螺旋化形成30nm螺線管,這里6個核小體組成一圈形成中空結(jié)構(gòu)的管狀螺旋體,即30nm染色質(zhì)纖維;第三級結(jié)構(gòu)是由螺線管再進(jìn)一步螺旋化成為直徑為0.4微米的筒狀體,也稱為超螺旋體;第四級結(jié)構(gòu)就是可以在顯微鏡下看到的染色體, 它是由超螺旋體進(jìn)一步折疊盤繞成的。通過以上四步,DNA的長度被凝縮了8400倍左右。以上關(guān)于DNA的凝縮模型是目前科學(xué)界關(guān)于DNA、染色質(zhì)和染色體組成的基本認(rèn)識,也是現(xiàn)代生命科學(xué)教科書的經(jīng)典內(nèi)容。

  由于缺乏一個系統(tǒng)性的、合適的研究手段和體系,之前對于30nm染色質(zhì)纖維這一超大分子復(fù)合體的組裝和調(diào)控機(jī)理的研究還十分有限,對于它的精細(xì)結(jié)構(gòu)組成也具有很大爭議。近30多年來,30nm染色質(zhì)纖維高級結(jié)構(gòu)研究一直是現(xiàn)代分子生物學(xué)領(lǐng)域面臨的最大挑戰(zhàn)之一。

    “30nM染色質(zhì)高級結(jié)構(gòu)解析”工作是生物物理所朱平研究組、李國紅研究組、許瑞明研究組長期合作獲得的重要成果,得到了科技部973計劃,國家自然科學(xué)基金委重大研究計劃項目和重點(diǎn)項目以及中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(B類)等的資助。4月23日下午,生物物理所召開新聞發(fā)布會宣布了這一成果。

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  圖1 30nm染色質(zhì)左手雙螺旋結(jié)構(gòu)模型