作為一種重要的基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制,可變剪接在真核生物中普遍發(fā)生,在基因表達(dá)和功能多樣性調(diào)控中起著重要的作用。不同物種、同一物種的不同組織以及不同基因家族的可變剪接在形式和比例上都存在差異,然而,決定這些差異的因素還尚不為人知。
中國科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所田志喜課題組通過對(duì)來自大豆不同發(fā)育時(shí)期不同組織的28個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及可變剪接分析發(fā)現(xiàn),在大豆中63%的多內(nèi)含子基因能夠發(fā)生可變剪接,這些可變剪接的數(shù)量和剪接形式在不同發(fā)育時(shí)期都發(fā)生著變化。統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果顯示可變剪接發(fā)生頻率和剪接類型的變化與基因所在染色體區(qū)域的特性變化、基因自身結(jié)構(gòu)變化和基因表達(dá)量密切相關(guān),并且大豆重復(fù)基因?qū)χ锌勺兗艚拥慕档团c內(nèi)含子長度的減小、外顯子數(shù)目的減少和表達(dá)量的下降呈正相關(guān)。這些結(jié)果表明可變剪接在形式和比例上的變化受到基因組特性、基因結(jié)構(gòu)以及基因表達(dá)量的影響。
該研究成果3月29日在線發(fā)表于Plant Cell 雜志(DOI:10.1105/tpc.114.122739)。田志喜研究組的申妍婷(碩士研究生)和周正奎博士(助理研究員)為該文章的共同第一作者。該研究得到了國家自然科學(xué)基金和中科院百人計(jì)劃資助。
